《贝多芬横饰带》局部1897年，克林姆等人创办了维也纳分离派(Vienna Secession)，克林姆并担任了该派的期刊《圣春》(Ver Sacrum)的总裁。克林姆待在分离派一直到1908年。维也纳分离派的目标是提供年轻的非传统创作者一个发表的平台，替维也纳带来外国画家的优秀作品，并自行发行杂志来展示团员的作品。分离派声明没有任何宣言，也不主动鼓励任何显著的风格，自然主义、写实主义与象徵主义和平共存。政府支持他们的目标，并给予公有土地的租约以建立展览厅。分离派的象徵是雅典娜，代表著智慧、技艺、战争的希腊女神－－克林姆於1898年画了他的版本。
1894年，克林姆受托创作三幅画来装饰维也纳大学大厅的天花板。完成於世纪之交时，克林姆的三幅画：《哲学》、《医学》与《法学》，其激进的主题与取材遭到排山倒海般的批判，被评为“色情”。克林姆舍弃了传统的寓言与象徵手法，而使用了更公然表达性欲的新颖表达方式，因此招来了更多纷扰。公众的抗议从四面八方而来－－政治、美学与宗教。因此，克林姆的三幅画并没有被放上大厅的天花板。这是克林姆所接受的最後一个公众任务。1945年5月，克林姆的三幅画被党卫队销毁。他的《真相》(Nuda Verita，1899)解释了他更进一步动摇传统的企图。毫无掩饰的裸体红发女人手握著真理之镜，上方引用了席勒风格的字体，写著：“如果你不能以你的成就与艺术满足所有人，那麼满足少数人吧。满足全部便坏。”
1902年，克林姆为第十四届维也纳分离派展览完成了《贝多芬横饰带》，展览主题是对作曲家的褒扬，以一座不朽、色彩斑斓、马克斯·克林格尔所制的雕塑为号召。横饰带只为展览而作，克林姆以亮眼颜料将之直接画上墙壁。展览结束後，画作被保留了，但直到1986年前才开始公开展出。
此时期的克林姆并不因公众任务而局限自己。1890年代末期开始，他与芙洛格一家在阿特尔湖岸共度了一年一度的暑假，并在当地画了许多风景画。这些作品构成了除了图形之外，唯一让克林姆认真投入的风格。正式而言，风景画是以相同的精制图样为特徵，强调结构、有象徵意义的碎片。克林姆成功的使阿特尔湖的作品的深处扁平成为单一平面，人们相信克林姆以透过望远镜观察景色的方式，创作了这些画作。